種子清選處理是實現花卉工廠化育苗的關鍵性技術之一，清選是為清除種子中的夾雜物，如鱗片、果皮、果柄、枝葉、碎片、癟粒、病粒、土粒、其它植物的種子等，以便于播種的順利進行。一般少量種子可用手選。種子量比較多時可用風選、篩選和水選。
        1．風選：適用于中小粒種子，利用風、簸箕或簸揚機凈種。少量種子可用簸箕揚去雜物。
        2．篩選：用不同大小孔徑的篩子，將大于小于種子的夾雜物除去，再用其它方法將與種子大小等同的雜物除去。篩選可以清除一部分小粒的雜質，還可以用不同篩孔的篩子把不同大小的種粒分級。由于種子的大小不同，種子的發芽出苗能力不同，幼苗的生長勢也不同。種子分級播種，即把大小一致的種子分別播種，可保證花卉的幼苗發芽出苗整齊，生長勢一致，便于管理。實踐證明，在同一來源的種子中，種子粒越大越重者，幼苗越健壯，苗子的素質越好。將同級的種進行播種，出苗的速度整齊一致，苗木的生長發育均勻，分化現象少。分級工作通常與凈種同時進行，亦可采用風選、篩選及粒選方法等進行。
        3．水選：一般用于大而重的種子，如櫟類、豆科植物的種子，利用水的浮力，使雜物及空癟種子漂出，飽滿的種子留于下面。水選一般用鹽水或黃泥水，其比重為1．1～1．25 克／cm 3 ，把漂浮在上面的癟粒和雜質撈出。水選后可進行浸種。水選后的種子不能曝曬，要陰干，同時，水選的時間不宜過長。